TBE tamponu (Tris-borat-EDTA), Tris bazı, borik asit ve EDTA'dan (etilendiamintetraasetik asit) oluşan bir tampon çözeltisidir. Bu tampon sıklıkla PCR amplifikasyonu, DNA saflaştırma protokolleri veya DNA klonlama deneylerinden kaynaklanan DNA ürünlerinin analizinde agaroz jel elektroforezi için kullanılır.
TBE Kullanımları
TBE tamponu, küçük DNA parçaları gibi küçük DNA fragmanlarının (MW <1000) ayrılması için özellikle yararlıdır. Kısıtlama enzimi sindirilenler. TBE'nin tamponlama kapasitesi daha yüksektir ve TAE tamponundan daha keskin çözünürlük sağlar. TAE (Tris-asetat-EDTA) tamponu, Tris bazı, asetik asit ve EDTA'dan oluşan bir çözeltidir.
TBE genellikle TAE'den daha pahalıdır ve daha sonraki DNA saflaştırma ve ligasyon aşamalarının tasarlanması durumunda sorunlara neden olabilecek DNA ligazını inhibe eder. Aşağıdaki üç basit adımla, TBE arabelleğini nasıl oluşturacağınızı öğrenin. Oluşturulması yaklaşık 30 dakikadan fazla sürmemelidir.
Neye ihtiyacın var
TBE tamponu yapmak için sadece dört maddeye ihtiyacınız olacak. Bu listedeki geri kalan öğeler ekipman. Gereken dört madde EDTA disodyum tuzu, Tris bazı, borik asit ve deiyonize sudur.
Ekipmana gelince, uygun şekilde bir pH metre ve kalibrasyon standartlarına ihtiyacınız olacaktır. Ayrıca, 600 mililitre ve 1500 mililitrelik beher veya şişe isteyebilirsiniz. Ekipman ihtiyaçlarınızı tamamlayan dereceli silindirler, karıştırma çubukları ve karıştırma plakaları.
Başlamadan önce ihtiyacınız olan her şeye sahip olduğunuzdan emin olmak için kullanacağınız laboratuvardaki envanteri kontrol edin. Hiçbir şey, bir çözüm hazırlamanın ortasında durmaktan daha kötü değildir, çünkü uygun malzemeleriniz bitmiştir.
Laboratuarınız okulda veya çalışma sahasındaysa, stoktaki tüm öğelerin bulunduğunu görmek için uygun personele danışın. Bunu yapmak sonunda zamandan ve enerjiden tasarruf etmenizi sağlayabilir.
Formül ağırlığı FW olarak kısaltılır. Bir elementin atom ağırlığı, bir formüldeki her elementin atom sayısıyla çarpılması, daha sonra her elementin tüm kütlelerinin toplanmasıdır.
EDTA'nın Stok Çözümü
Bir EDTA çözümü önceden hazırlanmalıdır. PH yaklaşık 8.0'a ayarlanıncaya kadar EDTA tamamen çözeltiye girmeyecektir. 0.5 M EDTA 500 mililitre stok çözeltisi için 93.05 gram EDTA disodyum tuzu (FW = 372.2) tartılır. Daha sonra 400 mililitre deiyonize su içinde çözün ve pH'ı NaOH (sodyum hidroksit) ile ayarlayın. Bundan sonra, çözeltiyi 500 mililitrelik nihai bir hacme tamamlayın.
TBE'nin Stok Çözeltisi
54 gram Tris baz (FW = 121.14) ve 27.5 ağırlığında konsantre (5x) TBE stok çözeltisi hazırlayın gram borik asit (FW = 61.83) ve her ikisi de yaklaşık 900 mililitre deiyonize Su. Sonra 20 mililitre 0.5 M (molarite veya konsantrasyon) EDTA (pH 8.0) ekleyin ve çözeltiyi 1 litrelik nihai hacme ayarlayın. Bu çözelti oda sıcaklığında saklanabilir, ancak daha eski çözeltilerde bir çökelti oluşur. Tamponu cam şişelerde saklayın ve bir çökelti oluşmuşsa atın.
TBE'nin Çalışma Çözümü
Agaroz jel elektroforezi için, bir TBE tamponu 0.5x konsantrasyonunda (konsantre edilmiş stokun 1:10 seyreltilmesi) kullanılabilir. Deiyonize su içinde 10x stok çözelti seyreltin. Nihai çözünen konsantrasyonları 45 mM Tris-borat ve 1 mM (milimolar) EDTA'dır. Arabellek artık kullanıma hazır agaroz jel çalıştırmak.