Güney Hindistan gibi bazı bölgelerde, Hindu krallıkları Müslüman gelgitlere karşı durdular ve hatta geri döndüler. Alt kıta da ünlü Orta Asya fatihleri tarafından istilalarla karşı karşıya Cengiz hanMüslüman olmayan ve Timur ya da Tamerlane idi.
Bu dönem Babür döneminin habercisiydi (1526-1857). Babür İmparatorluğu aslen Özbekistanlı bir Müslüman prens olan Babur tarafından kuruldu. Daha sonra Mughals altında, özellikle Büyük AkbarMüslüman imparatorlar ve onların Hindu konuları benzeri görülmemiş bir anlayışa ulaştılar ve güzel ve gelişen çok kültürlü, çok ırklı ve dini açıdan farklı bir devlet yarattılar.
1206 yılında eski Memlûk Kutububuddin Aibak adlı köle kuzey Hindistan'ı fethetti ve bir krallık kurdu. Kendisini Delhi sultanı olarak adlandırdı. Aibak, bir sonraki dört Delhi saltanatının üçünün kurucuları gibi Orta Asya Türkçesi konuşmacısıydı. Toplam beş Müslüman sultan hanedanı 1526'ya kadar kuzey Hindistan'ın çoğunu yönetti. Babür Babür Hanedanlığını bulmak için Afganistan'dan süpürüldü.
1221'de padişah Celal ad-Din Mingburnu başkenti Semerkant, Özbekistan'da kaçtı. Harezmid İmparatorluğu Cengiz Han'ın ilerleyen ordularına düşmüştü ve babası katledilmişti, böylece yeni padişah güneye ve doğuya Hindistan'a kaçtı. Şu anda Pakistan olan İndus Nehri'nde, Moğollar Mingburnu ve kalan 50.000 askerini yakaladı. Moğol ordusu sadece 30.000 güçlüydü, ancak Persleri nehir kıyısına sabitledi ve onları yok etti. Sultan için üzülmek kolay olabilir, ancak babasının Moğol elçilerini öldürme kararı, Moğol fetihlerini başlatmak Orta Asya ve ötesinde.
Güney Hindistan'daki Chola Hanedanlığı, insanlık tarihinin herhangi bir hanedanının en uzun dönemlerinden birine sahipti. M.Ö. 300'lerde bir süre kurulan, MS 1250 yılına kadar sürdü. Tek bir belirleyici savaşın kaydı yoktur; daha ziyade, komşu Pandyan İmparatorluğu, eski Chola politikasını gölgede bırakacak ve yavaş yavaş söndürecek kadar güçlü ve etkili bir şekilde büyüdü. Bu Hindu krallıkları, Orta Asya'dan gelen Müslüman fatihlerin etkisinden kaçacak kadar güneydeydi.
1290'da Delhi'deki Memluk Hanedanlığı düştü ve Khilji Hanedanlığı, Delhi Sultanlığı'nı yöneten beş ailenin ikincisi olmak için yerinde ortaya çıktı. Khilji Hanedanlığı sadece 1320 yılına kadar iktidara dayanacaktı.
Khilji Hanedanlığı, 30 yıllık kısa hükümdarlığı boyunca Moğol İmparatorluğu'ndan bir dizi saldırıyı başarıyla savuşturdu. Moğol'un Hindistan'ı ele geçirme girişimlerini sona erdiren nihai, kararlı savaş, Jalandhar Savaşıydı. 1298, burada Khilji ordusu yaklaşık 20.000 Moğol katletti ve hayatta kalanları Hindistan'dan iyi.
1320'de yeni bir karışık Türk ve Hint kanı ailesi, Tughlaq Hanedanlığı döneminden başlayarak Delhi Sultanlığı'nın kontrolünü ele geçirdi. Ghazi Malik tarafından kurulan Tughlaq Hanedanlığı Deccan Platosu'na güneye doğru genişledi ve güney Hindistan'ın çoğunu ilk kez fethetti. Ancak, bu bölgesel kazanımlar uzun sürmedi. 1335'e kadar Delhi Sultanlığı, kuzey Hindistan'daki alışılagelmiş bölgesine geri çekildi.
İlginç bir şekilde, ünlü Faslı gezgin Ibn Battuta kadı ya da Ghyasuddin Tughlaq'ın taht ismini alan Ghazi Malik mahkemesinde İslami hakim. Hindistan'ın yeni hükümdarından olumlu etkilenmedi, karşı kullanılan çeşitli işkenceleri reddetti vergi ödemeyen insanlar, gözlerinin yırtılması veya erimiş kurşun dökülmesi de dahil olmak üzere boğazlarını. İbn Battuta, bu dehşetlerin hem Müslümanlara hem de kâfirlere karşı yürütüldüğü konusunda özellikle dehşete düştü.
Tughlaq gücü güney Hindistan'da hızla azalırken, yeni bir Hindu imparatorluğu güç boşluğunu doldurmak için koştu. Vijayanagara İmparatorluğu Karnataka'dan üç yüz yıldan fazla hüküm sürecekti. Kuzeydeki algılanan Müslüman tehdidi karşısında esas olarak Hindu dayanışmasına dayanan güney Hindistan'a benzeri görülmemiş bir birlik getirdi.
Vijayanagara, güney Hindistan'ın çoğunu birleştirebilmiş olsa da, kısa bir süre sonra, alt kıtanın beline yeni bir Müslüman saltanatına uzanan verimli Deccan Platosu'nu kaybetti. Bahmani Sultanlığı, Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah adlı Tuğlalara karşı bir Türk isyancı tarafından kuruldu. Deccan'ı Vijayanagara'dan uzaklaştırdı ve saltanatı bir asırdan fazla bir süre güçlü kaldı. Ancak 1480'lerde Bahmani Sultanlığı dik bir düşüş yaşadı. 1512'de, beş küçük padişah kırıldı. Onbeş yıl sonra merkezi Bahmani devleti gitmişti. Sayısız savaş ve çatışmada, küçük halef devletler Vijayanagar İmparatorluğu'nun toplam yenilgisini atmayı başardı. Ancak 1686'da acımasız İmparator Aurengzeb Babullar, Bahmani Sultanlığı'nın son kalıntılarını fethetti.
Ma'bar Sultanlığı olarak da bilinen Madurai Sultanlığı, Delhi Sultanlığı'ndan kurtulmuş olan başka bir Türk yönetim bölgesidir. Tamil Nadu'da çok güneyde bulunan Madurai Sultanlığı, Vijayanagara Krallığı tarafından fethedilmesinden sadece 48 yıl önce sürdü.
Batı takviminin on dördüncü yüzyılında Delhi Sultanlığı Tughlaq Hanedanlığı için kan ve kaos sona erdi. Tamerlane olarak da bilinen kana susamış fatih Timur, kuzey Hindistan'ı işgal etti ve Tughlaq şehirlerini tek tek fethetmeye başladı. Sıkışık şehirlerdeki vatandaşlar katledildi, kopmuş kafaları piramitlere yığıldı. 1398 Aralık ayında Timur Delhi'yi aldı, şehri yağmaladı ve sakinlerini katletti. Tughlaq'lar 1414 yılına kadar iktidara geldiler, ancak başkentleri bir asırdan fazla bir süredir Timur teröründen kurtulmadı.