Birçok seçenek arasında, bu beş leke, en yaygın kullanılan etidyum bromür ile başlayarak en yaygın olanlardır. Bu işlemle çalışırken, sadece lekeler arasındaki farklılıkları değil, aynı zamanda doğanın sağlık risklerini de bilmek önemlidir.
Etidyum bromür muhtemelen DNA'yı görselleştirmek için kullanılan en iyi bilinen boyadır. Jel karışımında, elektroforez tamponunda veya jeli çalıştırıldıktan sonra lekelemek için kullanılabilir.
Boyanın molekülleri, DNA ipliklerine yapışır ve UV ışığı altında flüorlaşır ve bantların jel içinde tam olarak nerede olduğunu gösterir. Avantajına rağmen, olumsuz, etidyum bromürün potansiyel bir kanserojen olmasıdır, bu yüzden büyük bir dikkatle ele alınmalıdır.
SYBR Gold boya, çift veya tek iplikli DNA'yı boyamak veya RNA'yı boyamak için kullanılabilir. SYBR Gold, etidyum bromürün ilk alternatiflerinden biri olarak pazara girdi ve daha duyarlı olduğu düşünülüyor.
Bağlı olmayan molekülün floresanı çok düşük olduğu için, desinasyon gerekmez. Lisans sahibi Moleküler Problar da (SYBR Gold'un piyasaya sürülmesinden bu yana) etidyum bromür için daha güvenli alternatifler olan SYBR Safe ve SYBR Green'i geliştirmiş ve pazarlamıştır.
SYBR Green I ve II lekeleri (yine Moleküler Problar tarafından pazarlanmaktadır) farklı amaçlar için optimize edilmiştir. DNA'ya bağlandıkları için hala potansiyel mutajenler olarak kabul edilirler ve bu nedenle dikkatli kullanılmaları gerekir.
SYBR Green I daha fazlası hassas çift sarmallı DNA ile kullanım için ise SYBR Green II ise en iyi tek zincirli DNA veya RNA ile kullanım için. Popüler etidyum bromür lekesi gibi, bu son derece hassas lekeler UV ışığı altında flüoresanlaşır.
Hem SYBR Green I hem de II, "254 nm epi-aydınlatma Polaroid 667 siyah ve beyaz film ve bir SYBR Yeşil jel leke fotoğrafik filtre "başına 100 pg RNA veya tek zincirli DNA tespiti elde etmek için grup.
SYBR Safe, Ethidium Bromide ve diğer SYBR lekelerine daha güvenli bir alternatif olacak şekilde tasarlanmıştır. Tehlikeli atık olarak kabul edilmez ve genellikle düzenli kanalizasyon sistemleriyle (yani drenajdan aşağıya) atılabilir, çünkü toksisite testi akut toksisite olmadığını gösterir.
Ayrıca test gösterir Suriye Hamster Embriyo (SHE) hücreleri, insan lenfositleri, fare lenfoma hücreleri üzerinde genotoksisite vardır veya çok azdır veya AMES testinde belirtilmiştir. Leke, görüntülenen DNA'ya daha az zarar veren ve daha sonra klonlama için daha iyi verimlilik sunan mavi ışık transillüminatör ile kullanılabilir.
DNA'nın geri kazanımı için düşük erime noktalı jeller kullanıyorsanız da iyi bir seçimdir. Yüksek sıcaklıklarda çok stabildir ve kendi başına çok düşük floresanslıdır, ancak DNA'ya bağlandığında yüksek floresandır. Eva Green'in çok düşük veya hiç sitotoksisiteye sahip olduğu veya hiç olmadığı gösterilmiştir. mutajenisitesi.